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任命陸軍部長貝爾蒂埃將軍為預備軍團總司令。卡爾諾 [ 註：卡爾諾(1758-1823)，原是一位很有能力的工兵軍官，曾為五位督政官之一，果月十八政變(1797年9月4日)後被放逐。1799年12月，他獲準回到了法國。 ] 繼任陸軍部長。

這樣，拿破崙就規避了新憲法對其軍事行動的限制，並透過任命自己的親信為名義上的司令而智勝了他的政治對手。事實證明，這次司令職務的移交是一場徹頭徹尾的滑稽劇。

按照拿破崙的原定計劃(該計劃已於3月22日通知貝爾蒂埃)，預備軍團應自日內瓦湖上溯羅納河上游谷地，穿過聖戈塔德山口，再取道馬喬列湖進入倫巴第平原(這與俄將蘇沃洛夫1799年的那次行動路線正好方向相反)。然而，過了一週他就修訂了這個計劃，把聖戈塔德山口劃給萊茵軍團。

4月6日，預備軍團新任司令貝爾蒂埃命令參謀長杜邦將軍 [ 註：杜邦(1765-1840)，是一位有能力的軍官，但1808年7月當他在西班牙指揮一個軍時，不幸被西班牙人所圍並被迫作有條件的投降。 ] 在第戎建立預備軍團司令部，他自己則前往巴塞爾與萊茵軍團司令莫羅會晤，以便協調在未來的攻勢作戰中各自的行動。指揮萊茵軍團右翼的蒙塞奉命率一個師穿越聖戈塔德山口，與米蘭附近的預備軍團會師。與此同時，萊茵軍團的餘部則入侵黑森林並在那裡與克賴將軍指揮的奧軍交戰。

4月18日，貝爾蒂埃從巴塞爾返回第戎，總攬了預備軍團的指揮權。拿破崙早已在那裡集結了三萬二千人，組成了四個師分別由包德、沙布南、羅森和華亭指揮，而以繆拉指揮的騎兵師為核心。各部隊都缺乏武器裝備和運輸工具並且都在成批招幕新兵以補充兵力。原來設想，預備軍團兵力多達五萬人，但當時卻不能給這樣規模的一支軍隊提供足夠的馬匹和裝備。第一執政，有礙於憲法不允許他親自指揮軍隊，現在簡直象一位編外總軍需主任透過卡爾諾向貝爾蒂埃下達一連串命令以糾正編組上的差錯。

作戰計劃的一個要點是選擇預備軍團翻越阿爾卑斯山的的路線。拿破崙急於行動愈早愈好，以便收到奇襲的效果。但當時仍大雪封山，阿爾卑斯山各山口均無法透過。拿破崙本人所刻意仿效的漢尼拔曾於公元前218年九、十月間越過地勢較低的柯亭阿爾卑斯山，那時積雪已大部分融化。但是越過柯亭阿爾卑斯山只能威脅梅拉斯的右翼，而拿破崙的計劃卻是要攻擊他的後方。因此，他必須在勃朗峰以東的某處越過阿爾卑斯山的主峰。這樣，要使炮兵得以透過，他就只有兩個山口可供選擇：一個是大聖伯納德山口(8,110英尺)，另一個是辛普朗山口(6,590英尺)，因為聖戈塔德(6,935英尺)已經劃給萊茵軍團的右翼了。三月間，第一執政派了一名參謀軍官去偵察這兩個山口。他回來匯報說，儘管辛普朗山口較低，但大聖伯納德山口還是容易通行一些，因為該山口難行地段僅六英里左右，而辛普朗山口難行地段卻長得多。於是拿破崙便決定走大聖伯納德山口，這條路可直達都靈，而且從第戎基地出發，行軍距離也較短。那位參謀軍官還建議，如果把火炮裝在特製的雪橇上，就有可能把這些炮都運過山口。拿破崙下令在巴黎製造十部裝有滾輪的載炮雪橇，另一批則在奧松火炮工場製造。

作戰的第一階段是要把全軍向南移動一百二十英里到達日內瓦湖附近一個新的集結地域。然後再由那裡沿日內瓦湖北岸行軍五十六英里經洛桑到遠端的維爾納夫，輜重等軍需品則用船從日內瓦運往維爾納夫。獨立的日內瓦共和國已於兩年前被法國強行兼併，變成了法國的萊芒行政區。同時，十三個中立的瑞士州也被佔領並被合併成了法國的一個衛星國，稱做黑爾維謝共和國。因此，第一執政在瑞士境內可以