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第二天，他任命貝爾蒂埃為陸軍部長，這樣他就把軍事大權攬到了自己的手中。一月之後，新的&ldo;共和八年憲法&rdo;問世了，而西哀耶斯和迪科卻悄悄地從執政中除了名。拿破崙堂而皇之地當上了第一執政，第二和第三執政分別是康巴塞雷斯和勒布倫。儘管名義上不是，然而這事實上是授予了拿破崙獨裁的權力。他迅即著手整理國內事務，並為推行行政改革而不停地工作著。不過，他真正關注的還是威脅著共和國安全的外部危險，即奧地利、英國、俄國、西西里和土耳其所組成的第二次反法大同盟。

他的第一步，是著眼於恢復對奧地利的攻勢，重整東部邊境的軍隊。為此，他於11月24日頒令，把馬塞納從瑞士調去指揮義大利軍團，將萊茵和多瑙河兩個軍團合併為一個新的萊茵軍團交由莫羅指揮。

緊接著，他又跨入了外交政策領域。在聖誕節那天，他不顧外交慣例，向英王喬治三世和奧皇弗朗西斯送交了私人信函，認為以現狀為基礎，和平解決一切爭端的時機已經成熟。他暗示奧軍要按坎波-福米奧條約所確認的那樣撤回到阿迪傑河一線。然而只要看看他在同一天向部隊發布的文告，他那愛好和平的偽善姿態便昭然若揭：

軍人們！再也不要求你們保衛邊疆了，我們必須打到敵國去！

同一天，他還任命他的弟弟呂西安為內政部長，以便把警察、國內治安和新聞檢查牢牢控制在自己手裡。次日，他頒令成立執政官衛隊。該衛隊達2,100人，由兩個步兵擲彈兵營、一個輕步兵連、兩個騎兵中隊和一個炮兵連組成，這個衛隊後來發展成為皇帝的近衛軍，其原型就是他1796年在瓦萊喬僥倖脫險後所組織的那支私人衛隊。

為了重整軍備，必須首先恢復國家的財力，因為督政府的腐敗統治和驕奢淫逸已使國庫空虛，形成了信用危機。1800年1月13日，他指示外交部長塔列朗與葡萄牙政府談判貸款事宜：

若能獲得八、九百萬法朗的貸款，就幫了我們的大忙，……目前，我們連攻城縱列所急需的八千至一萬匹挽馬都提供不起。

此外，他還說：&ldo;也許我們可以從漢堡借到四百萬。&rdo;3月，他派馬爾蒙去阿姆斯特丹與荷蘭商人商議，以當年的木材銷售作抵押，借款一千二百萬法朗，年利百分之十二。

拿破崙就憑這些權宜之計湊足了重整軍備的款子。現在，一個把奧軍從其前沿陣地逐退的宏大計劃正在他的腦子裡產生，那些地盤是他遠徵埃及期間，奧軍從倫巴第和皮埃蒙特奪走的。四年前，他透過卡地波納山隘發動閃擊，從中央突破將敵劈為兩半。現在，敵人已沿利古裡亞亞平寧山脈重兵設防，他們可能正盼望他在戰略上重施故伎。因此，這次他要求採用一個全新的，比過去更加大膽的計劃。他將透過義大利軍團實施機動來吸引皮埃蒙特境內奧軍的注意力，而他本人則率一支新成立的&ldo;預備軍團&rdo;，經瑞士過阿爾卑斯山，直取奧軍的後方。與此同時，萊茵軍團也將透過黑森林南折，過瑞士東部各州，切斷敵軍與奧地利本土的最後交通線。這的確是一個十分大膽的戰略計劃，含有許多複雜的後勤問題要解決。此外，還要求指揮官和部隊應有十分果敢的領導。這在構思上與一年前俄將蘇沃洛夫試圖包圍馬塞納的那個計劃類似，不過那次行動以慘敗而告終。為了實現這一計劃必須建立一個全新的軍團。

1月25日，拿破崙給他的陸軍部長貝爾蒂埃下了一道命令：

我意欲組建一個預備軍團由第一執政親自指揮。它應分為三個軍，每軍含兩個師。

這是法軍首次明確地以軍為建制，每軍下轄兩個或多個師。六週以後，拿破崙進而明令如下：

應成立一個六萬人