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美國的法律體系是成文法與案例法的結合，既然立法和行政部門無法推翻最高法院對馬伯裡案的判決，那麼，按照英美普通法系遵循先例（stare decisis）的原則，此判決將作為憲法慣例被後人永遠引用。據統計，在最高法院以後的判決中，馬伯裡案高踞被引用的案例之首，達數百次之多。

根據這一經典案例逐漸確立的聯邦法院司法審查權包括相當豐富的內容：第一，聯邦法院是聯邦立法和行政部門立法和行為合憲性的最終裁定者；第二，聯邦法院是州立法機關和行政部門立法和行為合憲性的最終裁定者；第三，聯邦法院，特別是聯邦最高法院，有權審查州法院的刑事與民事程式法規，以確定這些程式法規是否符合聯邦憲法的要求。

透過對馬伯裡案的裁決，馬歇爾一方面加強了聯邦司法部門與其他兩個政府部門相抗衡的地位，使司法部門開始與立法和行政兩部門鼎足而立，另一方面增強了聯邦最高法院作為一個政府機構的威望與聲譽，使最高法院成為憲法的最終解釋者。可以說，這是美國政治制度史和人類政治制度史上的一個偉大的里程碑。一百多年之後，美國最高法院大法官卡多佐（benja n cardozo）讚嘆道：&ldo;馬歇爾在美國憲法上深深地烙下了他的思想印記。我們的憲法性法律之所以具有今天的形式，就是因為馬歇爾在它尚有彈性和可塑性之時以自己強烈的信念之烈焰鍛鍊了它。&rdo;馬歇爾傳記的作者史密斯（jean e sith）讚揚說：&ldo;如果說喬治。華盛頓建立了美國，約翰。馬歇爾則確定了美國的制度。&rdo;

但是，歷史程序並不是涅瓦河大街，制度創新也不是一夜之間完成的。馬伯裡訴麥迪遜案收場後，傑弗遜總統極為惱火。在傑弗遜看來，行政、立法與司法部門之間應當是一種三權分立、平起平坐的關係，憑啥司法部門要憑藉司法審查權高人一等呢？傑弗遜認為：&ldo;憲法沒有賦予法官替執法部門決策的權力，就像執法部門無權為法官作決定一樣。在各自負責的領域，兩個機構彼此平等獨立&rdo;。&ldo;憲法欲使政府各協作部門之間相互制衡。但是，如果授權法官決定法律是否違反憲法，使法官不僅在司法部門的地盤自行其是，而且還在立法和執法部門的行動範圍獨斷專行，那將使司法部門成為一個專制暴虐的機構&rdo;。

傑弗遜總統的擔憂在很大程度上是基於政治現實的考慮。如果聯邦黨人控制下的最高法院一而再、再而三地利用司法審查權推翻民主共和黨國會制定透過的重要法律，那麼，美國的分權制衡體制就會因黨派鬥爭而陷入癱瘓。即使國會能夠啟動憲法程式彈劾最高法院大法官，但結果將是徹底削弱最高法院的政治地位和司法權威。無論發生何種情況，一場憲法危機似乎已在劫難逃。

然而，政治的奧秘在於妥協。儘管傑弗遜總統憂心忡忡，但出乎意外的是，在馬歇爾大法官領導之下，聯邦最高法院自我約束，見好就收，並沒有單純從黨派利益出發利用司法審查權與傑弗遜總統和民主共和黨人死拼硬抗，頻繁地否決新國會的立法，使最高法院成為&ldo;專制暴虐的機構&rdo;。1803年3月2日，即馬伯裡案結束六天之後，在審理stuart v rd案時，聯邦黨人控制下的最高法院妥協退讓，承認了《1802年司法條例》的合憲性。更為重要的是，在馬伯裡案之後的30餘年中，馬歇爾法院再也沒動用過司法審查權。而傑弗遜在8年任期內也表現出大局為重和超越黨派分歧的憲政精神，保留了聯邦黨人在加強聯邦權威方面的主要建樹。

一些美國憲法學者認為，馬歇爾對馬伯裡案的絕妙判決實際上只是當時黨派鬥爭的產物，它在當年並未產生任何實際法律效力，其作用只是為司法機構今後審