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朝廷以皇帝為首，下設三公九卿。三公是左右丞相、太尉和御史大夫。丞相是中央行政機構的最高長官，協助皇帝處理全國政務，國家大事一般由丞相總領百官進行集議和上奏。太尉是中央行政機構的軍事長官，協助皇帝掌管軍事，但平時沒有兵權，只有接到皇帝命令和符節時才能調動或指揮軍隊。御史大夫是副丞相，相當於皇帝的秘書長，皇帝詔命常由御史大夫轉交丞相頒布，御史大夫協助丞相治事，並有監察文武百官的職權。三公之下設有九卿，即奉常、郎中令、衛尉、太僕、廷尉、典客、宗正、治粟內史和少府，負責掌管各方面的具體政務。奉常是禮教官，掌管宗廟禮儀。郎中令是傳達、警衛官，掌管皇帝的傳達和安全警衛。衛尉是皇宮衛隊長，掌管皇宮守衛。太僕是皇帝的僕從長官，掌管皇帝的車馬。廷尉是最高司法官，掌管刑法和審理重大案件。典客是外交官，掌管外交和國內少數民族事務。宗正是維護皇室利益的官職，掌管皇室宗族事務。治粟內史是最高財政官，掌管全國租稅收入和財政開支。少府是皇帝的私人財務官，掌管山海湖泊稅帳、宮廷手工業和皇室私財。

地方以郡、縣為基本行政單位，下分鄉、亭、裡、什伍。郡設郡守，作為一郡最高行政長官，直接受朝廷管轄。郡守之下有郡尉輔佐郡守，併兼管郡中軍務；又有監御史，負責監察。郡內分為若干縣，萬戶以上設縣令，不滿萬戶設縣長，主管全縣政務，受郡守管轄。縣令、縣長下有縣尉管縣中軍務，有縣丞助理令長併兼管司法。縣內分為若干鄉，鄉有嗇夫主管鄉務，三老主管教化，遊徼主管治安。交通要道往往設亭，負責郵傳和追捕盜賊。裡是民間居住區，有里正。居民的基層組織是什和伍。十家為什，有什長；五家為伍，有伍長。什伍互相監督，有罪連坐。

秦始皇設定的這套行政制度，起到了層層控制，權力向上集中的作用，從朝廷到地方，從郡縣到鄉裡，構成了一張龐大的統治網，使分散的地方權逐層向上集中，最後集中到朝廷，再透過朝廷集中於皇帝手中。這套行政制度，對國家統一、中央集權和君主專制都起到了重大作用。

當然，這一套制度的維持，還有相應的物質基礎和措施。首先是遷徙豪富，把天下豪富12萬戶遷到鹹陽，使六國貴族失去反抗的社會基礎和物質基礎，便於帝國的監視和控制；其次是沒收兵器，把民間兵器全部沒收，集中到鹹陽銷毀，鑄成了鐘座和十二金人，從而剝奪了反抗的武器；第三是毀壞城防，秦始皇下令一律拆毀六國首都城郭和邊城、關塞。破壞了分裂帝國的割據憑藉；第四是修築馳道，以鹹陽為中心，一條東通今河北、山東的海邊，一條南通今兩湖、江蘇等地，一條北通今內蒙（又曰直道）。馳道寬50步，路基夯實，兩旁每隔三丈種青松一棵。三條主要馳道外，通嶺南有&ldo;靈渠&rdo;和&ldo;新道&rdo;，通西南山險地區則修了&ldo;五尺道&rdo;。這一條交通網，大大便利了帝國中央對廣大領土的控制。

統一之初，各地沿用舊制，諸項法規制度處於極端混亂狀態。對此，秦始皇也採取了相應的措施，頒布執行各項統一的法規。首先是頒行統一法律。商鞅變法時，採用魏國李悝所著的《法經》作為秦國法律的藍本。&ldo;法&rdo;為&ldo;律&rdo;，並增加&ldo;什伍連坐&rdo;和參夷等內容。秦始皇統一六國後，把秦律頒布全國執行，結束了戰國時代各國法律條文不一致的狀況。秦律具有苛刻嚴明的特徵，對於&ldo;治吏&rdo;尤為重視，大量律條是針對官吏犯罪制定，官吏犯過，刑罰必加，絕無寬恕餘地，所以秦代吏治清明，官吏不敢貪汙受賄，也不敢翫忽職守，理事效率極高。

除法律之外，秦始皇還採取了許多統一措施，諸如統一度量衡、貨幣，簡化和