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從雍正帝出兵西藏，平定了阿爾布巴之亂開始，中央政府對西藏政策的羈縻性質日益減少，直轄性質逐漸加強。正如雍正帝在康乾盛世中所發揮的承前啟後作用一樣，他在西藏政策的執行上起到的也是重要的承前啟後作用。此時，不僅順治時期的對藏政策已遠遠落後，即使康熙朝的對藏政策，也被雍正帝逐步完善，這為乾隆時期西藏政教合一的確立鋪平了道路。因此，這三個時期中，真正對西藏進行實質性統治的，就是雍正朝了。雍正帝在平定了西藏叛亂之後，加強了對西藏的直接控制，變羈縻為近似於中央直轄的統治。這一點，對於整個中國歷史都至關重要。

雍正帝對西藏控制和管理的進一步加強，得益於對阿爾布巴叛亂的平定。透過進兵平叛，他首先認識到解決西藏問題的關鍵在於抓住宗教這個根本，而要抓宗教，就要重視達賴喇嘛。清兵入藏平叛之前，七世達賴喇嘛正在後藏貴族的控制之下，達賴之父索南達結更是和阿爾布巴結成了死黨。所幸阿爾布巴由於頗羅鼐的牽制，未能挾持達賴外逃，事態不致惡化。

對此，雍正帝決定將七世達賴安置在安全範圍內，雍正六年（1728年）十一月，七世達賴父子在清軍保護下離開拉薩，移到西康噶達（即康定西北泰寧）的惠遠寺，派兵一千八百護守，後準噶爾與清政府定界息兵後，雍正帝令人又把達賴護送回拉薩。後又在清軍保護下離開拉薩，移往理塘。達賴從此被清政府直接保護，這樣就避免了達賴和西藏共同為亂，也避免了達賴被挾持後社會不穩的狀況。理塘原歸屬前藏，六年，雍正帝下令在理塘、巴塘等地建立宣慰土司，劃歸四川管轄，同時又設維西、中甸二廳，劃歸雲南。後來，章嘉呼圖（活佛）以巴塘、理塘為六世達賴出生之地，請將該地仍屬前藏。而雍正帝的政治用意在於，將理塘作為監控西藏的一個外圍哨卡，同時較嚴密地控制西藏教王。因此，雍正帝對章嘉呼圖的請求當然不允。然而章嘉呼圖的理由很有力，前代教王的出生地，對於黃教來說確是非同小可。雍正帝為堵住章嘉呼圖的嘴，以理塘每年商稅銀五千兩賜之，章嘉呼圖得了實惠，也就不說什麼了。六世教王的生身之地，就這樣被雍正帝買了過來，管轄地仍歸四川轄屬。直到今天，川、滇二省的藏族地區仍沿襲著1728年清朝劃定的界限。

同時，雍正帝加強了對西藏政務的控制和管理，一方面將西藏政務委於頗羅鼐一人總理。當初將康濟鼐噶倫地位置於阿爾布巴之上，就是意欲以一人行政代替五噶倫。在西藏特殊的歷史條件下，五噶倫並立不利於西藏政務的處理，同時由於西藏曠遠，五噶倫的爭權奪利，更是將西藏拖入動亂泥潭的根源。相比之下，專任一人治藏，在行政體制上更趨於集權化，有利於清朝對西藏的有效控制。

另一方面，雍正帝又作出了設立駐藏大臣這一意義重大的決定。雍正帝在西藏正式設立駐藏大臣辦事衙門，駐藏大臣分正、副二人，分駐前藏和後藏，協助頗羅鼐處理政務，並留清兵兩千駐守西藏。駐藏大臣是清朝政府的代表，是清朝中央政府與西藏地方政府聯絡的紐帶，這時的駐藏大臣主要是管理清軍、穩定政局，並協助地方政府處理政務。這與乾隆後期的駐藏大臣和達賴喇嘛共管西藏政務制度不同，但卻是這一制度的開端。

透過達賴移居理塘、巴塘行政區的劃定，雍正帝一方面安定了人心，斷除了達賴和西藏共同為亂的隱患，明確了西藏地方的轄區範圍。在西藏迭經變亂後，雍正帝終於做出直接派遣常駐高階官員，建立辦事機構，駐守軍隊的果斷決定，從而加強了對西藏地方的履政，進而密切了清朝與西藏的主屬關係，重新將西藏正式拉回到中原政權治下，也有利於多民族統一國家的鞏固。雍正帝在平叛後設定駐藏大臣，進一步加強了對西藏的控制，這無疑具有積極的歷史意義。