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拿破崙於2月10日從開羅出發。其前衛雷尼埃師比他早走了兩周，但2月8日，在阿里什，卻受阻於土耳其的邊防要塞。與當初相比，法軍現在較為適應這裡的水土了，而且為了適應沙漠作戰還改善了部隊的裝備，大多數人都有了水壺，還發放了熱帶棉布制服。但這又有不幸之處，因為拿破崙沒有料到巴勒斯坦沿海地區二月份的天氣特別寒冷潮濕。這次的氣候就非常惡劣，結果部隊吃了不少苦頭。

2月17日，當拿破崙到達阿里什時，他發現雷尼埃師和克萊貝爾師久攻不克，至今依舊在土耳其要塞面前止步不前，不禁非常惱火。由於過分樂觀，他在達米埃塔把所有的攻城炮都裝船海運，預定在阿克解除安裝供他使用。然而在預定的航線上卻為英國海軍所截獲。於是，他便集中所有的野戰炮對敵人要塞猛轟。2月20日，九百名土耳其和馬穆魯克守軍投降，法軍繼續前進。24日，法軍未遇抵抗便進入加沙；3月3日，法軍兵臨雅法城下遭到守軍的頑強抵抗。3月7日，法軍工兵在城牆上炸開了一個缺口，該城遂被攻克並遭洗劫；法軍在城內大肆姦淫擄驚，其行為也許只有十三年後英軍在巴達霍斯的行為才能與之相比。然而，更有甚者，當在堡壘內據守的二千五百名土耳其部隊於第二天投降之後(他們的投降條件是免於一死)，拿破崙仍下令屠殺這些戰俘。這是拿破崙生平及其人格上最大的一個汙點。他把他們驅趕到海邊槍殺或刺死，他的藉口是他既無足夠的部隊押送這些戰俘回埃及也沒有足夠的口糧養活他們。在城內，法軍找到了四十萬份乾糧和一百噸大米，但同時也出現了鼠疫。自此，法軍每天都有三十人死於這種疫病。

在拿破崙的本性中有許多東西是相互矛盾和難以理解的。他堅信只有害怕鼠疫的人才會染上鼠疫。為了證明這一點並提高部隊計程車氣，他於3月11日走訪了設在雅法清真寺內的疫病醫院，並幫助搬運死於鼠疫的屍體，結果安然無恙。在羅浮宮中格羅的名畫所紀唸的就是這件事。這一勇敢行動頓時打消了部隊裡的疑慮。3月17日，拿破崙到達海法並在卡梅爾山設立了司令部。由此向北，隔海望去，就是傑查的老巢阿克要塞。阿克要塞是十字軍時代的一個古堡，此時已開始坍塌。其真正的價值在於地理位置，它三面環海，聳峙在一個巖質半島之上。要塞裡有二百五十門火炮，守將是一位年長而堅強的土耳其人。他得到由兩艘戰列艦和幾艘炮艇組成的一個英國海軍中隊的支援，其指揮官是卓越的西德尼&iddot;史密斯海軍準將(1764-1840)，他替換胡德準將封鎖埃及沿海。在他的旗艦上有一位同樣卓越的，領有英軍上校軍銜的法國炮兵軍官菲利波。菲利波是1791年由法國移居英國的。此前，曾營救西德尼&iddot;史密斯從法國監獄脫險。菲列波曾是拿破崙在巴黎軍校時的同班同學，而且兩人都是在1785年9月1日取得軍官資格的。不過，兩人一向不和並彼此憎惡。

在拿破崙抵達卡梅爾山的當天，運載其攻城炮的船隻也到了阿克港外。這些炮到達得倒正是時候，但那天霧大，結果這些船一頭闖進了英國海軍中隊的懷抱，以致全數被俘獲。拿破崙攻城時不僅沒有用上這些重炮，反倒遭到了這些重炮的轟擊，因為它們被英軍轉給了守城的土耳其軍。但拿破崙毫不氣餒，他包圍了該要塞朝陸地的那一部分，並於3月28日發動了第一次不成功的強攻。4月1日，在爆炸了一枚地雷之後，又發動了一次強攻，結果也失敗了。法軍傷亡慘重。此外，每週死於鼠疫者也多達一百四十餘人。西德尼&iddot;史密斯派了八百名陸戰隊員增援土耳其守軍，同時菲利波的炮兵指揮技術對於守城部隊的支援也是無法估量的。菲利波由於勞累過度加上瘟疫的影響，在圍城戰的最後一週病死。

現在威脅法軍的另一個危險是，大馬士革的帕