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山雨終於到來了。1601年1月7日，那是個星期六的下午，伯爵最忠實的支持者之一吉利·梅里克爵士跑到河對岸的環球劇院，與演員們一起研究演出「莎士比亞」的劇作《理查二世》。演員們都抱怨說，那出劇也太老了，已經上演過很多場，不會有觀眾再看了。他於是拿出40先令，這在當時是一筆不小的數目，於是，那些演員再次登臺演出了《理查二世》。這齣劇的內容，主要是講如何推翻理查，所以被認為很有顛覆作用。「我就是那個理查二世，你們不知道嗎？」女王陛下後來這樣吼道。

伯爵的命運可以說令人心碎。樞密院感到危險在一步步逼近，於是，在皇宮大門外增派了崗哨，又派了4名高官到埃塞克斯伯爵那裡，仔細調查伯爵莊園中的聚會情況。他們和伯爵一起進了藏書房，伯爵的追隨者們憤怒地把這4個傢伙鎖在房間裡。埃塞克斯大踏步地邁出大門，朝城中走去，身後跟著三四百瘋狂的追隨者。

不過，女王的臣民們雖然喜歡勇敢的埃塞克斯伯爵，但大多數人還是對女王陛下保持著忠心。向有權勢的人挑逗是一回事，真要揭竿而起推翻王權，則是另一碼事了。伯爵在城裡的街道上走著，臉因激動而變得通紅，渾身流著汗，他邊走邊大聲地呼喊著，「女王陷害了我！女王陷害了我！有人陰謀想殺我！」人們都躲到自己的房子裡，無聲地看著他從街上走過。他滿心期望得到眾人支援的場面沒有出現。他把賭注押在了人們對女王的忠誠上面。結果，他輸了。沒有民眾的支援，整個叛亂行為一下子垮掉了！他絕望地往回走，但這時卻發現，鏈條把所有的街道都給攔死了。於是，他沿著河邊走，找到一條船，從水路進了自己的家。

此時，那4個被關押的高官已經被放了。埃塞克斯快速走進房間，來到火爐前。他把自己的日記和兩箱子東西都給燒了。然後，只等有人來捉拿他。故事到了這裡，總有人好奇地提起說，伯爵從脖子上取下一個他一直戴著的小袋兒，連同日記一起燒了。歷史學者都在猜測這裡究竟藏著什麼。後來，這些史學家們大膽推測，它一定隱藏了關於繼承王位方面的信件。如果是這樣的話，埃塞克斯伯爵不可能「永遠」把它掛在脖子上，這也不會給他帶來麻煩。這個東西里一定藏著更為隱私的秘密。對於那些知道女王與伯爵之間關係的人來說，這件一直掛在伯爵脖子上的東西里很有可能藏著與他自己出生有關的證據。

1月18日，在威斯敏斯特教堂的大廳裡，開始審判伯爵及其同黨南安普敦伯爵。弗朗西斯在密碼故事中寫道，那是個「令人悲傷、可怕的故事……那是弟弟終了的一天，那一天令人感到很殘忍，也很醜惡」。

弗朗西斯太瞭解自己的弟弟了。但他萬萬沒有想到弟弟會走到這一步。對伯爵的審判和餘下日子裡的故事太令人痛心，以致都很難繼續記錄下去。對伯爵來說，這是個悲劇，對於弗朗西斯而言，也很悲慘。伊莉莎白強迫弗朗西斯以檢查官的身份，代表王室在審判席上對弟弟進行指控。而弗朗西斯根本沒有辦法拒絕這一命令。這對於根本沒有參與密謀的弗朗西斯來說，無疑是一種痛心疾首的懲罰。弗朗西斯說，這尷尬的場面他無力應付。他甚至想要結束自己的性命，以避免出現在審判席上。

培根曾提醒弟弟，要他「承認自己有過不正當的行為」，他知道，如果伯爵表現出謙卑與懊悔，他們的母親會讓步的。但事實卻沒有這樣發展。埃塞克斯伯爵堅持認為自己的行為是正確的。一切都完了。審判結束，最後宣佈：埃塞克斯伯爵和南安普敦伯爵有罪。

兩人隨即被手持斧子的衛兵帶離陪審團的房間。他們被送到倫敦塔樓裡囚禁。監獄的大門一旦關上，埃塞克斯伯爵所有的機會也隨即消逝殆盡。

在最後的日子裡，伯爵請求給自己找個牧師來。艾伯迪·阿斯頓牧師大