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朱元璋這樣費盡苦心地更張制度，反覆斟酌定都問題，無非是因為天下得之不易，希望能世代固守，傳之久遠。因此，他不會允許任何人對其統治和權力構成威脅，甚至那些被他認為會對其子孫的統治構成威脅的人，他都會毫不手軟，必欲除之而後快。
屢興大獄：濫殺功臣和剛猛治國
清代史學家趙翼說過這樣的話：&ot;獨至明祖，藉諸功臣以取天下，及天下既定，即盡取天下之人而殺之，其殘忍實千古所未有。蓋雄猜好殺，本其天性。&ot;趙翼的這種評價雖有過激之處，卻指出了朱元璋濫殺的事實。朱元璋做了皇帝後，興起了幾個大案，殺了許多人。
胡藍案。洪武十三年（1380）正月，御史中丞塗節、商嵩告發胡惟庸南通倭寇北接舊元，意欲謀反。朱元璋命羽林軍將胡抓捕，審問得實，磔於市，牽連被殺達3萬人。洪武二十三年（1390），有人告發李善長交通胡惟庸情狀，朱元璋又將當時已經77歲的李善長賜死，並誅殺其家。吉安侯陸仲亨、延安侯唐勝宗、靖寧侯葉升因牽連於此案亦被殺。
洪武二十六年（1393）正月，又興藍玉案。藍玉以謀逆罪被殺，連坐被誅殺者達15萬人。有人認為藍玉案與燕王朱棣有著關聯。藍玉是太子妃舅父，因極力維護太子朱標的儲君地位，與早已覬覦皇位的燕王交惡。燕王為竊取儲君之位，伺機在太祖面前挑唆，致使朱元璋在猜疑的心態下製造了藍玉黨案。
胡藍案使得大明的開國功臣被屠戮殆盡。
朱元璋和功臣的關係有一個逐漸變化的過程。洪武三年（1370），朱元璋封李善長、徐達、常茂、李文忠、馮勝、鄧愈等6人為公爵，另外28人為侯爵，並賜給大量土地，同時頒有鐵券，如果本人或子孫犯罪，可以免死數次。朱元璋還使皇室與功臣聯姻，如郭英之妹為朱元璋寧妃，馮勝、藍玉、徐達之女皆為王妃。李善長、傅友德、胡海、張龍等勛貴之子皆尚公主，與他結成了兒女親家。朱元璋是希望透過這些方式確保功臣忠心，鞏固自己的皇位，使大明江山傳祚無窮。
然而沒過幾年，這段短暫而甜美的政治婚姻就宣告結束。洪武五年（1372），朱元璋頒布《洪武青花執壺鐵榜文》，對文武功臣嚴加戒飭，嚴厲指責他們違法亂紀的行徑。這可以看作是朱元璋對驕傲放縱的功臣的一種警告，也是他們關係緊張的一個訊號。洪武八年（1375），朱元璋製作《資世通訓》，洪武十三年（1380）製作《臣戒錄》，警告大臣們如果對天子不忠、逾越禮制，將受到嚴懲。這些功臣們也許沒有意識到，朱元璋已經將屠刀舉起。
第6節：濫殺功臣和剛猛治國
廖永忠是最早被殺的功臣。廖永忠在很多戰鬥中立有功勳，特別是在鄱陽湖之戰中殊死戰鬥，建國後被封為德慶侯。洪武八年（1375），朱元璋以其私自穿著繡有龍鳳圖案的衣服逾制為由將其殺死。其實這只是藉口，真正導致廖永忠丟失性命的原因在於一個政治隱秘，當年正是他執行了朱元璋謀殺小明王韓林兒的任務。在他之後，朱亮祖、李文忠、徐達先後死於非命。
通常而言，開國皇帝與功臣之間產生矛盾不乏先例，關鍵是皇帝如何化解這種矛盾。漢代的劉邦心存猜忌，大殺功臣；唐太宗李世民氣量宏大，處理較為妥當；宋太祖趙匡胤則採取了另外一種模式，即&ot;杯酒釋兵權&ot;，和平解除功臣的兵權。朱元璋的情況與劉邦有些相似，卻又不同。幫助朱元璋打天下的功臣，多是他的同鄉，甚至湯和與周德興還是他的同村，是幼時遊戲的玩伴。正是這些人在戰鬥中出生入死，東徵西討，為朱元璋奪得天下。待到朱元璋登基成為皇帝後，他們之間卻有了君臣的名分，凡事不可逾制。這些功臣心裡也許難以及時適應這種改變，而朱元璋卻是