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透過這些措施，清政府圍繞加強對青海地區的統治這一中心目的，對青海的政治、經濟、軍事、宗教等方面進行了全面改革。開展屯田，興辦農業，和蒙古等進行朝貢互市等措施，都進一步促進了少數民族經濟的開發和民族的融合。而對一些區縣的劃分則使得清政府大大加強了對青海地區的直接控制。青海內部臺吉的封建特權尚未喪失，喇嘛教寺院的宗教權威也仍保留，但它們已不再作為獨立的政治勢力而存在，蒙古王公束縛於旗制之內，喇嘛寺院成為清政府統治蒙藏人民的工具，清中央政府對青海地區的統治大大加強了。

出兵西藏，剿滅亂黨

青海問題解決以後，清政府就把目光轉移到西藏問題上來。西藏地處祖國西南邊陲，和新疆、青海、四川、雲南等省相鄰。作為藏傳佛教的聖地，西藏是一個有著獨特風情和民風的地方。境內佛教勢力很大，各種教派紛呈。

早在南宋淳祐四年(1244年)，西藏佛教派別中勢力最大的薩迦派(俗稱花教)教主薩迦班智達前往涼州(今甘肅武威)覲見元太宗孛兒只斤窩闊臺的皇子闊端，議定了歸順蒙古帝國的條件及貢賦，自此西藏正式歸入中國版圖，而在此之前西藏一直作為中原王朝藩國。由於在西藏歸順過程中所起到的推進作用，薩迦派從而得到了元朝統治者的恩寵。元朝統治者進入中原後，開始接觸盛行於中國的各種教派，在諸教派中，他們比較偏愛密宗佛教，於大都（今北京）興建了密宗佛教的大型寺宇萬安寺（今白塔寺前身）。薩迦班智達逝世後，其侄八思巴於元朝至元六年(1269年)被元世祖忽必烈封為&ldo;大寶法王&rdo;，意思是薩迦政權的創始人第一任薩迦法王。至此，西藏歷史上第一次出現了以&ldo;僧人統國&rdo;為特點的政教合一的地方政權。

後來，元明統治者也都曾對西藏進行過有效的管轄。明末，蒙古人固始汗入藏，控制了西藏地方政權，使政教合一的局面得以改變。清初，皇太極曾和西藏汗及掌佛教大喇嘛有書信往來，固始汗也曾派人專程抵達盛京，覲見太宗，太宗優以厚禮。順治時，達賴喇嘛與清朝的關係又有新的進展。順治九年(1652年)十二月十五日，達賴喇嘛及班禪、固始汗代表至京拜謁順治帝，順治十年二月，達賴辭歸。四月，順治帝封達賴為&ldo;西天大善自在佛所領天下釋教普通瓦赤喇怛喇達賴喇嘛&rdo;，賜滿、漢、藏三種金冊、金印；封固始汗為&ldo;遵行文義敏慧固始汗&rdo;，賜滿、漢、藏三種金冊、金印。這樣，正式確立了西藏對清廷的隸屬關係，在西藏形成了政教分治、蒙藏聯合的局面。清朝對西藏統治進一步加強了。

康熙年間，準噶爾策妄阿拉布坦叛亂，準噶爾蒙古軍入藏殺死了和碩特蒙古汗王拉藏汗，從而結束了青海和碩特蒙古對西藏的統治，此後及至策妄阿拉布坦被平定。為了加強對西藏的統治，康熙帝派滿洲、蒙古及綠營兵四千名駐藏，任命康濟鼐、阿爾布巴、隆布鼐三人為噶倫（舊指西藏地方政府長官），封康濟鼐、阿爾布巴為貝子，封隆布鼐為輔國公，後又增任頗羅鼐、扎爾鼐二人為噶倫，從而確定了五噶倫共管西藏的體制。同時冊封噶桑嘉措為&ldo;宏法覺眾第六世達賴喇嘛&rdo;，以安定人心。此時的西藏，雖由五噶倫管理，但政權的性質仍是宗教政權，達賴仍是西藏的精神領袖。

雍正帝繼位後，於元年把留守駐藏的部隊撤回內地，只在四川的察木多(今西藏自治區昌都)留少量軍隊駐守，放寬了對西藏的控制。雍正五年，遂發生了阿爾布巴叛亂。

事情的原委是這樣的：隨著時間的推移，執政西藏的五噶倫內部矛盾逐漸尖銳起來，五名噶倫中，一派是後藏貴族康濟鼐和頗羅鼐，另一派是前藏貴族阿爾布巴、隆布鼐和扎爾鼐。七世達賴喇嘛