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，下面有軍機部、軍政部、軍備部、軍需部、軍訓部、軍建部等六部，每一個部門都設一個都督和兩個輔督，另外還設有龍驤都督、虎賁都督、警備都督、預備都督等分管各種型別的軍隊，另外每個軍區都設有一個都督。每個軍種如騎兵、步兵、弓兵、水兵都設有一個訓練都督，都督類似後世的司令，出征時則號稱元帥。

軍機部，類似後世總參謀部，負責所有軍隊的編制、作戰，管理所有級別的軍事將領和各級參軍。軍機部轄作戰司、排程司、軍情司。作戰司，負責組織實施戰略、戰役計劃，指揮和實施各軍種、戰區的作戰行動。排程司負責所有軍種的排程。情報總署在總作戰部內設有一個分支機構，為軍情司，負責對敵方軍事情報的蒐集。

軍政部，類似後世總政治部，各級參軍的職責除了參贊軍機外，還負責發展通天教組織和宣傳通天教的教義，還負責稽核軍功、糾察過錯的軍法職責。所以軍政部轄有軍功司、軍法司、組織司和宣撫司。軍功司，負責稽核將士軍功，確認將士的軍銜和軍職擢升幅度；軍法司，負責普及宣傳軍法、稽核將士罪過、執行軍法、監督軍紀和監控勞改；組織司，在軍中發展通天教組織和配合軍功司、軍法司，完成對將士們軍銜和軍職的擢升；宣撫司負責軍隊對內、對外、對民的三重宣傳。

軍訓部，負責平時所有軍隊的訓練、發展，轄有，禁衛司，負責禁衛部隊的編制、訓練；警備司，負責警備部隊的編制、訓練；陸軍司，負責所有陸上軍隊包括騎兵、弓弩兵、槍兵的編制、訓練；火器司，負責所有火槍和火炮兵的編制、訓練；水軍司，負責所有河流湖泊以及海上的水師的編制、訓練。

軍需部，轄有財務司、軍糧司、軍屯司、軍牧司、軍服司、軍醫司、軍艦司等，同時還轄有十多個大型物資生產供應的工場。在營級設立軍需官來掌管糧餉和其他物資，發放糧餉時，所有將士都在場，由皇帝親自向高階軍官分發，高階軍官再向中級軍官分發，分發時需要軍需官、參軍和主將一起發放。財務司除了負責軍中物資供應費用的統計，還掌管、統計所有糧餉的支入支出，跟政務院財政部密切合作。軍糧司負責聯絡地方政府湊集軍糧、牲畜養殖屠殺、炊事等。軍屯司負責所有屯田事宜，由屯田中郎將負責。軍牧司，負責馬匹的採購、餵養、醫治。軍服司，負責所有軍服、棉被、軍旗、帳篷等的設計製造供應。軍艦司，負責江河湖海上的大小船舶的設計製造，在河內、遼東、山東等地興建了多處大型船廠。軍醫司負責宣傳健康醫療知識、救治傷兵、防止瘟疫，從營級開始有醫療伍之至到師級有野戰醫院，漸漸地戰地醫生、護士、醫療器械都開始齊全，不再完全仰仗中醫。

軍備部，負責組織領導全軍的武器裝備建設，將後世的總裝備部和國防科工委都囊括進去了。下面設有軍械司，負責新武器盔甲的設計、攻城防禦器械如弩炮的設計製造；常備司，負責製造供應常規兵器、弓箭、盔甲等；火器司，負責火藥、火炮、火槍等諸多熱兵器的製造；軍礦司，負責開採鐵、煤和石油。

軍建部，負責所有軍事設施建設，轄有城垣司、工事司、營房司、交通司，轄有浩大地工兵和建築兵隊伍，全面負責所有軍民設施地建設，使得勢力內地每一棟建築都能為軍事目地做出貢獻，等於後世總後勤部和國務院裡建設部、鐵道部、交通部的整合。另外，俘虜多半派到這裡做苦工。

政務院，設有政務首相和次相，原來的六部改為吏政部、財政部、司法部、農牧部、工商部、文教部等六部，每部設有一個尚書和侍郎。根據軍政分開地原則，政務院類同於後世地國務院，因為人才不足和時代侷限，機構要簡化很多，但比起這個時代地三省六部還是要健全不少。

吏政部包含考試司、人事司、監察司、組織司等部門。