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到蒙古入主中原後，元世祖忽必烈聽信高麗人趙彝之言，於至元十一年（公元1274年）、至元十八年兩次遠徵日本，結束了兩國自三國到唐、宋以來相對友好關係，開始了敵對狀態，進而東南沿海開始出現倭寇。

為了對付倭寇，元朝先於大德七年（公元1303年）取消了市舶機構，並&ldo;禁商下海&rdo;，在至大元年（公元1308年）又重新恢復，至大四年再度取消。而日本政府也因為恐懼元軍的再度入侵，因此加強海防，終元一朝不曾與中國來往。

到了元末明初，由於陳友諒、張士誠、方國珍等人所部多有水師，而他們在被朱元璋消滅後，部下頗有逃至海上在兩國間以走私和海外貿易為生的，甚至後來的明建文帝，也有說是去了南洋，而鄭和下西洋的原因，就有人認為是去尋找建文帝，並試圖將其消滅以絕後患的。

於是朱元璋在消滅南方敵對勢力準備北上滅元前，很擔心南方敵對殘餘勢力勾結倭人入侵沿海，因此於洪武元年（公元1368年）、二年、三年、五年數次遣使去日本交好，但日本這時正好處於南北朝交戰時期，道路為南朝所斷，朱明交好的意圖未成，因此開始實施海禁政策。到後來日本南朝為北朝所併吞，有相當部分武士成為了為浪人，部分浪人則淪為了海盜，前來騷擾中國沿海。但因為此刻明軍戰鬥力強盛，水師也堪稱一流，外加日本也是戰後百廢待興，所以倭寇屬於零散現象，沒有形成氣候，為禍不算太大。

只是倭寇的出現，卻使得明政府採取了一項重大的錯誤政策，也就是開始全面地絕對禁止民間海上貿易的海禁政策。

根據《明史》記載，在洪武三年（公元1370年），朱元璋下令關閉了&ldo;太倉黃渡市舶司&rdo;；七年，撤銷自唐朝起就擔負著海外貿易功能的福建泉州、浙江明州、廣東廣州三市舶司，官方海外貿易市場徹底關閉；十四年，&ldo;又下令禁瀕海民私通海外諸國&rdo;，此刻連素與明朝交好的東南亞各國也不能來華進行貿易及文化交流了；十九年，廢昌國縣；二十年，強行將舟山島及其他四十六島（山）的居民全部遷入內地；二十三年，再頒&ldo;禁外藩交通令&rdo;；二十七年，禁止民間使用及買賣舶來的番香、番貨等海外產品；三十年，再次頒布法令，禁國人下海通商。

為了加強海禁，徹底斷絕沿海地區與海外各國的貿易和文化交流，朱明政府又在《大明律》中規定道：&ldo;擅造三桅以上違式大船，將帶違禁貨物下海，前往番國買賣，……正犯比照己行律處斬，仍梟首示眾，全家發邊衛充軍。其打造前項海船，賣與夷人圖利者，比照將應禁軍器下海者&rdo;。同時，對持有和使用、買賣海外產品的百姓和商人，也實行了嚴酷的制裁。如前所說於洪武二十七年禁止民間使用及買賣番香、番貨等物一條，就有對應的制裁政策：&ldo;敢有私下諸番互市者，必置之重法、凡番香、番貨皆不許販鬻，其現有者限以三月銷盡&rdo;、&ldo;番貨到來，私買販賣蘇木、胡椒至一千斤以上者，……發邊衛充軍。&rdo;

而在日本，當南北朝混戰結束整個社會恢復到一定程度後，便開始感受到了明朝海禁帶來的影響，尤其是高、中檔消費品和奢侈品的嚴重缺乏，讓幕府和各大名以及上層社會深感不適，而絲綿、棉布、鐵器、茶葉、藥材等大量的生活用品及物資的的缺乏，也給百姓生活帶了極大的不便。因此在應永九年（公元1401年），後小松天皇遣使入明朝上表，這是明朝開國後日本第一次遞交的正式表文。

在明成祖朱棣，也就是永曆大帝即位後，日本又再次派遣派使者來華，成祖也派出了左通政趙居任出使日本，並發