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馬伯裡雖然家財萬貫，但對治安法官這個七品芝麻官卻情有獨鍾，就這樣不明不白地丟失了法官職位，他覺得實在是太冤，非要討個說法不可。於是，馬伯里拉上另外三位同病相憐的難兄難弟，聘請曾任亞當斯總統內閣總檢察長（attorney neral總檢察長現在一般譯為司法部長。這個職位雖然是1789年建立的，但當時只是一個非全職的內閣職位，直到威廉。懷特任職期間才成為全職位置‐‐即使這樣他仍然是光桿兒司令一個，因為司法部[jtice departnt]要到1870年才建立，只有到這時才可以稱司法部長）的查爾斯。李（插rles lee）為律師，一張狀紙把國務卿麥迪遜告到了最高法院。他們要求最高法院下達執行令（原文為拉丁文writ of anda，也譯訓令狀，在英美普通法中指有管轄權的法官對下級法院、政府官員、機構、法人或個人下達的要求其履行法定職責行為的命令），命令麥迪遜按法律程式交出委任狀，以自己能便走馬上任。控方律師起訴的根據源自《1789年司法條例》（the judiciary act of 1789）第13款d條中的規定：聯邦最高法院在法律原則和慣例保證的案件中，有權向任何在合眾國的權威下被任命的法庭或公職官員（perns holdg office）下達執行令狀。

麥迪遜一看對手來頭不小，便來了個兵來將擋、旗鼓相當，請傑弗遜總統內閣總檢察長萊維。林肯（levi lln）出任自己的辯護律師。這位林肯先生真不愧是現職總檢察長，辦案派頭十足，接了案子以後竟然連法院都懶得去，只是寫了一份書面爭辯送交最高法院，聲稱馬伯裡訴麥迪遜（arbury v ad）案是一個涉及黨派權力鬥爭的政治問題，跟法律壓根兒就不沾邊，最高法院管不著這種根本就扯不清楚的黨派鬥爭。

接到控方律師的起訴狀和辯方律師寄來的書面爭辯後，馬歇爾大法官以最高法院的名義致函國務卿麥迪遜，要求他解釋扣押委任狀的原因。誰料想，麥迪遜對馬歇爾的信函根本就不予理睬。在當時的法律和歷史環境下，麥迪遜這種目中無人、無法無天的行為是件稀鬆平常的事，因為聯邦最高法院當時實在是一個缺乏權威的司法機構。制憲先賢漢密爾頓（alexander hailton）曾評論說：&ldo;司法部門既無軍權，又無財權，不能支配社會力量與財富，不能採取任何主動行動&rdo;，是&ldo;分立的三權中最弱的一個&rdo;。1789年生效的美國憲法雖然規定了行政、立法、司法三權分立和制衡的格局，但這部憲法以及後來增添的憲法修正案，對於憲法最終解釋權的歸屬問題從未做出任何明確規定。這部憲法沒有賦予最高法院向最高行政當局和國家立法機構指手劃腳、發號施令的特權，更別提強令總統、國務卿以及國會服從最高法院的判決了。

從憲政理論角度看，按照歐洲思想家洛克（john locke）、孟德斯鳩（插rles louis de sendat outedieu）、盧梭關於限權政府、分權制衡、主權在民的憲法和制度設計原則，行政權、立法權和司法權的職能和許可權應當嚴格區分，相互獨立，彼此之間&ldo;井水不犯河水&rdo;。另外，在分立的三權之中，如果一定要判定哪一權處於更優越的地位，那顯然應是擁有民意基礎的立法權，無論如何也輪不到非民選的司法部門佔據至高無上、一錘定音的權威地位。

這樣，馬伯裡訴麥迪遜一案實際上使馬歇爾大法官陷入了一種左右為難、必輸無疑的兩難困境。他當然可以正式簽發一項執行令，命令麥迪遜按照法律程式發出委任狀。但麥迪遜有總統兼美軍總司令傑弗遜撐腰，他完全可能對最高法院下達的執