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才出任東南軍區司令長官的，這作為他對羅汝才這麼多年來，對他一直俯首帖耳鼎力支援的一種嘉獎，但是在年初攻打雲南之戰中，羅汝才卻在軍前得病，險一些丟了性命，雖然後來在一些名醫的努力下，保住了性命，但是身體卻大不如從前了，羅汝才自己也知道沒法繼續在軍中幹下去了，平定雲南之戰結束之後，羅汝才便主動請辭，要求回鄉榮養。

於是肖天健只好授羅汝才為定南伯，準其退出軍中，並在南京城授其一座大宅，作為他退役之後榮養之所，並且由大中朝終身供養，作為對羅汝才這些年來功勞的回報，羅汝才欣然同意，就此退出了軍中，回到了南京城榮養。

但是就在這次的大整編定下來之後不久，閻重喜也因為舊傷復發一病不起，無法繼續擔任西北軍區司令長官之職，於是也請辭退役，肖天健感念於閻重喜勞苦功高，準其退役，授其為三等平西公，在洛陽授其府邸，供其頤養，西北軍區司令長官則改由李凌風繼任。

除了陸師之外，海軍方面也進行了整編，原本統一的海軍，以松江府長江口為界，劃分成了北方海師和南方海師兩個部分。

劉江出任海軍總司令長官，原海軍大將蕭如風出任北方海師司令長官，劉巖明出任南方海師司令長官。

原來海軍船隻和人員重新劃分，將一批兵將和船隻劃撥到了原本實力很弱的北方艦隊，大大擴充了北方艦隊的實力。

而北方艦隊的總部則沒有選在原本設施比較好的登州，而是被肖天健指定選在了浮山所，也就是後世的青島，另外船隊的駐地也選擇在了浮山所和威海衛以及登州三地，作為北方海師的主要靠泊補給基地。

至於南方海師的總部則設在了寧波府，船隊駐泊地則主要以舟山、溫州、泉州、廣州四地為主要停泊之地。

整個對軍隊整頓持續到天元三年年底才徹底結束，所有軍隊完成了整編和裁員以及換防等事務。

至於海軍方面在平定海南島之後，提出的要出兵征討臺灣，逐走霸佔臺灣的荷蘭人之事，肖天健暫時給壓了下去，原因無他，只因為隨著南方諸省的平定之後，大中朝下一步用兵的重心要迅速朝北方傾斜，儘快解決盤踞在遼東的建奴，暫時肖天健不想兩線用兵，只等解決了建奴這個大麻煩之後，他才會下手解決臺灣甚至於琉球國乃至是呂宋的問題。

但是雖然南方諸省永曆之亂雖已平定，但是永曆帝朱由榔卻並未被大中軍擒獲，在大中軍攻佔雲南的時候，朱由榔見勢不好便在一些死忠的隨扈之下，落荒逃入了緬甸，被緬甸王收留。

這件事令肖天健很是不喜，歷史上朱由榔也是逃到了緬甸，可是沒想到這一次他早於歷史十幾年的時間，卻還是沒有抓住朱由榔，於是肖天健著令李栓柱在平定雲南之後，派兵出征緬甸，對緬甸王施壓，迫使緬甸王交出朱由榔。

在天元三年底的時候，李栓柱派出了一支由兩個西南軍區的輕裝山地師從雲南出發，進入了緬甸，開始對緬甸王朝用兵，但是緬甸北方山林密佈，氣候條件和道路條件相當惡劣，雖然大中軍入緬，但是這一場仗註定不會打的很順利，短時間之內估計不會取得太大的成效，但是肖天健認為，這是一場不對稱的作戰，並不需要投入太多的戰力，消耗太多的資源，遲早還是可以解決緬甸的問題的。

最起碼這一次西南軍區入緬作戰，也要將整個緬北給納入到大中朝的國土之中，逼迫緬甸王對大中朝俯首稱臣不可，但是這樣的小規模作戰，他就全權交給了李栓柱負責，至於他的精力，則開始再一次放在了北方。

（今天特別