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皇帝以下，中央設定三公九卿。石本是計量單位，漢代專指官吏秩級，以計俸祿。漢官吏秩共十八等，秩越高，祿也越高。

一、三公

三公謂丞相、御史大夫與太尉：丞相掌全國政務；御史大夫輔助丞相，主監察執法並掌管圖籍；太尉督理全國軍事。

1．丞相

丞相居百官之首，俸祿最高，掌佐天子，助理萬機。金印紫綬，秩俸萬石。

丞相府主要官吏：丞相司直，輔佐丞相，檢舉不法，秩俸千石；丞相長史，輔佐丞相，督率諸吏，處理各種政務，秩俸比千石；丞相史，秩俸四百石；丞相少史，秩俸三百石。

2．太尉

太尉專掌武事，地位和丞相相同，為最高的武官職位，秩俸萬石，金印紫綬。主要是充當皇帝的最高軍事顧問，多半不直接領兵。漢武帝建元二年（公元前139年）後不再設定。後武帝改太尉為大司馬，作為大將軍、驃騎將軍的加號。

3．御史大夫

行使副丞相的職權，是丞相的助理，三公中地位最低。秩俸二千石，銀印青綬。

二、九卿

九卿是指太常，光祿勛，衛尉，太僕，廷尉，大鴻臚，宗正，大司農，少府九個機構。同時執金吾，大長秋，將作大匠的地位和秩俸都與九卿相同，因此把他們和九卿統稱為諸卿。京北尹、右扶風、左馮翊是三輔即京師地區的地方行政長官，有資格參加朝議，具有高於一般郡國長官的特殊地位，因此也得以列於諸卿。

1．太常

太常原名為奉常，漢朝景帝時改名為太常。掌宗廟事，一般不參加具體的行政事務，是九卿之首。秩俸中二千石，銀印青綬。

太常機構主要官吏：太常丞，秩俸千石，銅印黑綬，掌凡祭祀及行禮之事，總署曹事，典諸陵邑；太常掾，秩俸四百石，銅印黑綬，助太常丞；太史令，秩俸六百石，銅印黑綬，掌天時、星曆；太史丞，秩俸四百石，銅印黑綬，輔佐太史令；侍詔，秩俸二百石，分掌星曆，龜卜，請雨事；治歷，主曆法。

2．郎中令

郎中令掌宮殿掖門戶，同時也是皇帝的顧問參謀和宿衛侍從。太初元年（公元前104年）改名為光祿勛，秩俸中二千石，銀印青綬。屬官有五官中郎將，左右中郎將，稱三署。署中各有中郎、議郎、侍郎、郎中，皆無定員，多至千人，主要是執戟宿衛宮殿。

主要屬吏：車郎將，秩俸比千石；戶郎將，秩俸比千石；騎郎將，秩俸比千石。此三郎將統稱郎中三將，主宿衛護從。左中郎將，秩俸比二千石；五官中郎將，秩俸比二千石；右中郎將，秩俸比二千石。此三郎將統稱中郎將，主宿衛護從。虎賁中郎將，秩俸比二千石；羽林中郎將，秩俸比二千石。此二將統稱為虎賁羽林，主宿衛護從。光祿大夫，秩俸比二千石；太中大夫，秩俸比一千石；中散大夫，秩俸六百石；諫議大夫，秩俸六百石。此四大夫掌故問應對，為皇帝謀事。議郎，秩俸六百石，為皇帝謀事。

3．衛尉

衛尉，職掌宮門衛屯兵，是皇帝的衛隊長。秩俸中二千石，銀印青綬。

主要屬吏：衛尉丞，秩俸千石，衛尉卿助手；公車司令，秩俸六百石，掌殿司馬門，夜徼宮中；宮殿掖門司馬，秩俸比千石。

4．太僕

太僕掌車馬，天子每出，負責安排前後的禮儀隊伍。秩俸中二千石，銀印青綬。

屬吏：考工令，秩俸六百石，製作兵器，弓弩刀鎧。

5．廷尉

廷尉主管刑法和監獄以及審判案件，秩俸中二千石。銀印青綬。

屬吏：廷尉丞；廷尉左監；廷尉右監；廷尉左平；廷尉右平；廷尉正。

6．大行